В это же время обсуждался вопрос, чтобы передать здание собора в единоличное управление духовного ведомства. Митрополиты обеих столиц выразили согласие, однако, ректор Академии художеств Александр Резанов выступил против, заявив, что не допустит ситуации, когда здание, стоившее 15 миллионов рублей и 45 лет труда, остается без наблюдения специалистов и «крупной материальной поддержки от правительства». Доводы Резанова приняли во внимание, и оба собора в «техническо-художественном» отношении остались в ведении Министерства внутренних дел. 25 мая 1883 года император Александр III утвердил «мнение Государственного Совета» по двум соборам, в третьей части Полного собрания законов Российской империи этот документ значится под номером 1600 и называется «О порядке заведования кафедральными соборами Исаакиевским в С.-Петербурге и Христа Спасителя в Москве»[68].

В начале ХХ века повторно возник вопрос о передаче Исаакиевского собора (и храма Христа Спасителя) в безраздельное управление ведомства православного исповедания. Мотивировалась необходимость такого изменения следующим образом: затруднения в управлении зданиями из-за их двойного подчинения — министерству внутренних дел и духовному ведомству. 28 октября 1908 года этот вопрос рассматривался на заседании Совета министров и статус соборов опять остался без изменений — двойное подчинение.