Следователи, выясняющие причины гибели подлодки К-159, установили, что еще за час до катастрофы командир швартовой команды К-159 Сергей Лаппа просил вытащить лодку на мель во избежание ее затопления поступавшей в отсеки забортной водой. Как пишет "Коммерсант", подводники получили приказ бороться за живучесть лодки, которая их и утопила.

Накануне аналогичную версию обнародовало агентство France-Presse со ссылкой на источник в руководстве ВМФ России. По версии этого источника, причиной гибели подлодки была течь в корпусе лодки, в девятом отсеке, в районе стыка вала гребного винта. Лаппа, по версии AFP, связался с буксирным судном, чтобы выяснить, нельзя ли дать лодке затонуть у острова Кильдин, мимо которого они проплывали. Офицеры с буксира приказали команде К-159 продолжать двигаться прежним курсом и ждать прибытия помощи.

"Коммерсант" уточняет, что в докладе Сергея Лаппы говорилось, что вода в корму субмарины поступала через дейдвудные сальники (графитовые уплотнители, расположенные на выходе гребного вала из кормы подводной лодки наружу), которые, скорее всего, прохудились и во время буксировки дали течь. Как утверждает источник газеты, экипаж К-159 пытался бороться за живучесть корабля: "Сначала моряки попытались задраить переборочную дверь из девятого в восьмой отсек, но это не помогло: межотсечная переборка оказалась негерметичной, и вода стала поступать в восьмой отсек. Затем экипаж попытался создать в восьмом отсеке воздушную подушку, которая за счет повышенного давления внутри отсека не пустила бы воду дальше. Однако запасов воздуха высокого давления для этой операции не хватило. Когда стало ясно, что экипажу не удастся преградить путь воде, Сергей Лаппа связался с буксиром и предложил посадить К-159 на мель у острова Кильдин". В тот момент лодка уверенно держалась на плаву, и на буксире решили, что надо плыть дальше. Через некоторое время в результате поступления воды в кормовые отсеки дифферент подлодки значительно увеличился, создав огромное напряжение в системе крепления понтонов. По расчетам офицера, только девятый отсек в это время был уже заполнен водой почти на 1,5 м. В итоге устройство, с помощью которого кормовые понтоны крепились к корпусу, было вырвано "с корнем", и понтоны один за другим оторвались. Дифферент на корму стал нарастать, и в какой-то момент не выдержали и оторвались крепления и носовых понтонов. К-159 находилась в таком техническом состоянии, что при двух затопленных водой кормовых отсеках лодка рано или поздно задирает вверх нос и в считаные минуты уходит под воду: "Очевидно, так произошло и с К-159. Именно поэтому экипаж не смог эвакуироваться с субмарины – подводники до последнего боролись за живучесть лодки, а когда она стала свечой, выбраться из нее было уже невозможно".