Обвинительная часть содержит несколько эпизодов, связанных с передачей Запорожским представителям иностранных спецслужб секретных сведений на протяжении последних пяти лет. В частности, ему вменяется в вину выдача информации о деятельности российских разведывательных органов и их сотрудниках. Следствием установлено, что полковник передавал секретные сведения не только в Москве, но и за рубежом, во время служебных командировках.